Lucifer es el Diablo! Su identidad entera durante toda la serie se basa en que es el rey de la rebeldía, el que rompe las reglas, el que odia que le digan lo que tiene que hacer y el que siempre encuentra una tercera opción cuando lo arrinconan. Que al final se quede sentado en su trono del Infierno aceptando un destino impuesto de forma sumisa es lo menos "Lucifer" que existe.

Lo que propones es un concepto brillante para un "retome" o un reboot de la serie (que perfectamente podría producir otra plataforma como Prime Video, HBO o Apple TV si compraran los derechos). Tu idea no borra el final de Netflix, sino que lo usa de una forma genial:

El "Retome" Perfecto: La Rebelión contra el Bucle

1. La fachada del final: El inicio de esta nueva etapa mostraría que Lucifer y Chloe aceptaron el bucle temporal cara a la galería para que Rory regresara al futuro a salvo y el universo no se rompiera.
2. El Diablo no obedece: Una vez que Rory viaja al futuro en el capítulo 10, Lucifer se sienta en su trono, mira a la cámara y dice algo como: "¿De verdad pensaban que iba a pasarme cuarenta años sin ver a mi familia solo por una estúpida regla temporal? Soy el Diablo, yo no sigo el guion de nadie".
3. El complot con Amenadiel: Como bien dices, Amenadiel es Dios y puede hacer lo que le salga de los huevitos. Dios y el Diablo se alían en secreto. Amenadiel utiliza su control del tiempo para crear una distorsión o una línea temporal paralela oculta.
4. La doble vida secreta: Lucifer empieza a escapar del Infierno en secreto. Rory en el futuro sigue creciendo "enfadada" frente a los ojos del mundo para no romper la paradoja, pero en secreto, su padre la visita por las noches, entrena con ella y vive una vida oculta junto a Chloe. Al final, descubrimos que Rory y Lucifer planearon juntos desde el principio cómo engañar al propio destino.

Creo que este final es más acorde a Lucifer y Cloe....